佩滕的气候比南部高地温暖很多，比尤卡坦州北部潮湿很多。这里的雨季也长得多，从5月末一直持续到次年1月。即使在2月、3月、4月和5月所谓的旱季，也会时不时出现阵雨。越往南，降雨量越高，从北部地区约2100毫米增加到南部科迪勒拉山脉的4500毫米。尽管北部地区冬天比较寒冷，温度经常降低到10c以下，但水从来不会结冰。最热的月份是4月和5月，即使是在阴凉处，温度也很容易超过37c。
这个地区气候非常宜人，拥有古玛雅人想要的一切，是一块真正“流淌着牛奶和蜂蜜”的土地。到处都可以找到适合玛雅农业体系的广阔土地。种类繁多的动植物为人类提供了食物、衣物、药物和其他有用的材料。当地的石灰石也是整个美洲最好的建筑材料之一，不仅易于使用石材和木材制成的工具进行开采，而且使用时很容易硬化，在燃烧时也很容易还原为石灰。在整个地区都有粗石灰砾石层。总之，建造一种原始的用石材和砂浆砌筑而成的耐用建筑所需的三个基本条件已经齐备：易于加工的建筑石材、石灰和制作砂浆的碎砾石。
这些极度有利的环境因素，加上古玛雅人的天才，才孕育了出现于危地马拉佩滕省北部、中部的玛雅文明的萌芽。最早的石头建筑和石雕纪念碑出现于瓦哈克通，位于佩滕伊察湖东北约640公里处，最古老的玛雅象形文字正是出自这里，在公元375年左右。
在接下来的两个世纪，以北部佩滕的中部为中心，玛雅文明向四面八方一直传播到整个尤卡坦半岛及毗邻的山谷和科迪勒拉山脉南段的北坡。公元8世纪，玛雅古帝国进入黄金时代，在乌苏马辛塔河流域的帕伦克、佩德拉斯内格拉斯和亚斯奇兰等多座城市以及佩滕省西部诸城市和半岛最东南的科潘、基里瓜，都达到了鼎盛时期。
佩滕的乔木森林十分平缓地过渡为半岛北部茂密的矮灌木丛。从南到北，树木变低了，巨大的桃花心木、人心果树、木棉和西班牙雪松逐渐变成低矮的树木和茂密得多的带刺灌木丛。
半岛的东海岸有大量美洲蒲葵。在海岸后面的内陆地区有一个长长的、呈手指状延伸的高地，这是一片南部雨林，生长着很多桃花心木、西班牙雪松、人心果树和其他硬木。这片雨林一直延伸到尤卡坦半岛的东北角。
半岛北部地势低而平坦，土壤的腐殖质较薄，深度通常不超过几英寸。而佩滕土壤的腐殖质要厚得多，为0.6-0.9米。北部到处都有大量裸露的天然石灰岩，地表水很少，甚至没有。
从半岛西海岸的钱波通开始，是海拔不超过300英尺的丘陵地带，平行向北一直延伸到坎佩切城，向东北延伸至马克斯卡努镇，向东南转向延伸到尤卡坦北部中心地带的楚卡卡夫。如果从飞机上看，这些低矮的山丘高度均匀，似乎是古地质时期的一条大陆海岸线。在其他地方，这样的山丘看起来并不起眼，但它们却是从海拔不超过20或25英尺的低而平坦的平原上升起的，所以会产生看似很高的效果，视觉高度远远超出了实际高度，当地人称这些山丘为塞拉尼亚。
这里湖泊和河流非常少，且所谓的河流比小溪大不了多少。半岛北部最大的水域是墨西哥金塔纳罗奥州东南部的巴卡拉尔湖。该湖长三十五英里，最宽处有六七英里。半岛北部中央还有其他几个较小的湖泊，如奇产卡纳布湖和帕耶瓜湖。半岛东北部的科巴有五个较小的湖泊。还有三条小河——西海岸的钱波通河、北海岸的拉加托斯河和东海岸的谢尔哈河，但它们都不那么重要，河水很浅，是很狭窄的人海河流。
东海岸有两个大海湾，阿森松海湾和圣埃斯皮里图海湾都比较浅，尤其是后者。越接近坎佩切州南部和金塔纳罗奥州的危地马拉边界，沼泽就越常见。然而，这些沼泽大部分会在春季或干燥的月份里干涸。向东和向西延伸的山脉向南逐渐变高，直到在佩滕北部达到海拔1000英尺或更高。
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