吞并埃及后，亚历山大再次获得了一个产粮基地，俗话说：“无农不稳，无商不活，无工不富，无才不兴。虽然埃及90%都是沙漠，但光一个尼罗河三角洲就有2.4万平方公里也就是3600万亩的耕地，可年产7000万塔兰特的粮食，可以养活1200万人。即使耕地不全用于种植粮食，在人口稀少的现在，也都可以养活大半个非洲的人了，不像两千多年后，埃及的人口增加了几十倍，粮食还得需要大量依靠进口。
亚历山大在临走之前抽调了埃及军队中最精锐的士兵组成了4000法老卫队，2000人是精锐长枪兵，2000人是使用复合弓的精锐弓箭手，他们身穿精致的埃及风格的鳞甲和头盔，战斗技巧极佳，单兵作战能力与他们的箭术同样出色。不但是优秀的长枪兵和弓箭手，又可以作为散兵使用。
回巴比伦后，亚历山大除了让士兵修养一阵之外，他开始继续整编新的部队之外，同时努力打造一些优良的战争器具。他从美索不达米亚、米底和埃兰的原波斯帝国的遗老遗少中吸取了5000人整编为一支波斯骑兵部队，由于这支骑兵是由原波斯贵族及后裔组成的精锐部队，精通各种战法，因此装备了梭镖、复合弓、长矛和骑兵剑，身穿轻便精良的全身锁子甲，适合发挥各种动作。
由于长弓手对士兵的体格要求极高，特别是弓体非常长，制弓时间非常长，材料也有限，因此无法使用长弓的士兵就大量装备了复合弓，他们要比其他欧洲的那些弓箭手要强不少。
接下来，亚历山大的目光望向了埃及以南，这块遍地是宝的地方。但他本人不会亲自出马，全都交给了小托勒密，原来的亚美尼亚总督之位则交给了弗拉阿特斯暂时兼带。他则是准备集结部队解决佩乌塞斯塔斯，然后直捣印度。
在古埃及统一前（公元前3100年），在尼罗河上游地区相继成立了一系列努比亚王国。在古埃及王国时期，埃及从努比亚进口黄金、象牙、鸵鸟毛和乌木。中王国时期，埃及大约在公元前1900年将疆土向南扩展到第二瀑布地区。努比亚人在第三瀑布以南、都城凯尔迈周边重新组织起来。然而，新王国时期开始不久，大约在公元前1500年，埃及人的直接统治延伸到越过第四瀑布的努比亚中心地带，目的可能为了进一步地控制该地区的贸易。埃及人沿着肥沃的尼罗河流域的狭窄带建造了市镇和殿庙。在埃及直接统治的500年期间，当地的努比亚统治阶层吸收了埃及文化的很多方面，包括宗教、语言和文字。
在古埃及新王国时期衰落之后，埃及人从努比亚撤了回来。在公元前1100年前后，当地的努比亚统治者得以重新确立他们自己的文化并重新宣布独立。他们在第四瀑布附近的纳帕塔建立了一个新的宗教和政治中心，并将帕纳塔定为首都，库施王国就这样建立了。王国区域涵盖第三瀑布以南，越过尼罗河洪泛平原区，勉强属于热带草原气候。库施的农业经济基础是在远离尼罗河的地区种植高粱、稷和养牛。
事实上，库施的统治者在文化上仍然是埃及化的，处处以埃及为榜样，他们与埃及之间的贸易不断，国王们也渐渐积累了财富和权力。公元前730年还进犯埃及并在底比斯获得了对埃及的控制权。他们在埃及统治了60余年，这段时期被称为第二十五王朝或埃塞俄比亚王朝时期。但这短短的60年，这些库施国王们彻底埃及化了，他们戴着上下埃及的双重王冠，崇拜埃及人的神灵，并在埃及殿庙中刻下自己的名字。
公元前670年，亚述人进犯下埃及，库施王廷又撤回了努比亚，从此再也没有回到过埃及。埃及在第二十六王朝时期的回光返照期间，曾一度于公元前593年派军队入侵到第四瀑布地区，并洗劫了纳帕塔。有鉴于埃及人的威胁，库施人不得不将行政中心转移到了南部小镇麦罗埃。
麦罗埃位于第五瀑布和第六瀑布之间的尼罗河左岸（东面），位于尼罗河和阿特拉巴河之间的平原地区被称为麦罗埃岛，这里夏季降雨非常丰沛，相对于纳帕塔地区，农业要发达的多，人们可以在这里种植热带谷物作物高粱和稷，而且可以通过灌溉扩大耕地面积。
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