接下来船队在瓦尔德斯半岛南部280斯塔狄亚的圣克鲁斯河河口再次留了2000人下来建立了一个定居点，接着没多久就来到了一段地形非常复杂的海峡（麦哲伦海峡），其可怕之处主要体现在其恶劣的天气条件、狭窄的水道以及复杂的潮流和风向变化。
这里位于南美洲大陆最南端，由火地岛等岛屿围合而成，海峡蜿蜒曲折，长592千米，最窄处仅有3.3千米，最宽处却有32千米左右。这里的天气条件极为恶劣，长期受到偏西大风和风暴的影响，尤其是在每年9月中旬至来年3月盛行西南风，10月至11月份风力较大，风浪通常在早晨起风，下午随日落风力逐渐减弱。幸亏现在是八月份，风浪还不算太大。
此外，麦哲伦海峡的潮流和风向变化复杂，主航道内的流向受潮水影响，流向多变，航经有河口交叉的航段时要注意流压差影响。这些因素共同作用，使得麦哲伦海峡成为南大西洋与南太平洋之间最重要的天然航道，但由于是逆风航行，风大浪高，航道狭窄，岛屿众多，航线不明，航道曲折，很难航行。
麦哲伦海峡的暗礁和浅滩是由于其地理位置和地质构造形成的。海峡两侧的山地形成的显着狭管效应使得西风风力得以加强，风大浪高。此外，海峡曲折狭长，多暗礁和浅滩，当受西风吹拂的海流经过时不断受到阻隔，导致逆流和漩涡的产生。
帕特罗克勒斯欣赏了一个月的峡湾风光才从海峡中出来，火地岛的原住民雅甘人是一个也没见到。通过四分仪和罗盘，他发现他们已经穿过了这个大陆，至于南面什么情况只能以后另外派人去探索了。
他带领舰队继续北上并时不时地派人到陆地上探查情况，终于发现了有人类活动的痕迹，生活在这里的正是马普切人，马普切人一副生人勿近的状态让人很难前去沟通，最后还是采用先送礼再沟通的办法，和他们取得了联系。帕特罗克勒斯在南纬47°西经74°的一个海湾（佩纳斯湾）处建了一个小镇，就以马普切人的族名命名，留下了3000人，和两艘船只。
由于帝国子民的善意，马普切人对这些新来的人也表现出了善意和好奇。他们进入村庄，看到了很多新鲜事物，在了解到他们喜欢黄白之物后，纷纷拿着白银和纯铜前来交易，看到大船，也有想上去参观的，对此，新移民都是来者不拒。他们也希望把他们融入进来，为建设美好的家园增加劳力。
接下来的路程，帕特罗克勒斯发现沿海地区几乎都是沙漠戈壁，这和当年在南部非洲的西海岸同纬度航行的时候的地貌是差不多的，加上之前在巴西东海岸和非洲东南部也都是类似气候，再加上北纬25-35°和南纬25-35°的气候也是非常接近，这让他得出了同纬度且南北纬地区的大陆东西岸气候极为类似的结论。这个发现让他兴奋不已，仔细记录了数据，并要求以后的航海人员一定要在航海时详细记录气候和环境变化。
随着一路向北航行了半个月后，舰队来到了南纬33°的一个地方，这里居住着马普切人的一个大部落，这里的马普切人家里有很多纯铜铸成的各式生活用品和武器。带着向导询问之后得知，他们都是从北面的部落里面交易得来的。帕特罗克勒斯不知道的是这里以北1050公里和1300公里以外分别有世界上最大的埃斯康迪达铜矿和丘基卡马塔铜矿两个巨大的露天铜矿。其中，埃斯康迪达铜矿有大量伴生金矿和银矿，丘基卡马塔铜矿有伴生金矿。不过埃斯康迪达铜矿埋藏在底下几百米，很难开采，但丘基卡马塔铜矿却是世界上最大的露天铜矿，以现在的技术，多少年都开采不完。
智利地区还有被称为“魔鬼矿山”的拉科塔巴尔帕金矿和北萨拉雷斯金矿，都是非常难以开采的金矿。智利也就丘基卡马塔铜矿中的伴生金银矿好开采一些。相对来说，秘鲁的黄金储量更丰富，中部的安卡什地区的金矿是露天金矿，南部的阿雷基帕的金矿不是露天的，北部卡哈马卡地区的金矿是露天地下都有，储量最丰富。
不过帕特罗克勒斯对这些一无所知，这里的马普切人也不知道，但生活在沙漠（阿塔卡玛沙漠）那头的印第安人知道，秘鲁的印加人也知道，帕特罗克勒斯拿出了大量青铜武器和铠甲，获得了当地的马普切人的支持，留下8000人在此建城，取名为菲利卡波勒（Φiλik?Π?λη），意为“朋友的城市”，随后带着马普切人乘着海船杀向沙漠那边去。
由于秘鲁寒流的关系，这里的沙漠是世界上最干旱的地方之一，但在这长达两千多公里的沿海沙漠地带，智利北部的阿塔卡玛沙漠是最干旱的，但这里却蕴藏着极其丰富的铜矿和硝石矿，同时也拥有不少数量的金矿。智利安托法加斯塔省的附近的丘基卡马塔铜矿就是这些原始土着所使用的金银铜的主要来源。
在塔拉帕卡大区伊基克城东48公里处的潘帕斯沙漠地区，这里由200多个采矿点组成，形成了世界上最大的硝石堆积地。硝石矿中主要是硝酸钠和硝酸钾，既是制作火药的重要原料，又是制作肥料的重要原料。
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