马达加斯加主要矿产资源有石墨、铬铁、铝矾土、石英、云母、镍矿、钛铁、铁矿、锰、铅、锌、煤等，其中石墨储量居非洲首位。此外还有较丰富的宝石、半宝石资源以及大理石、花岗岩和动植物化石等。河流湍急，水力发电潜力大。森林面积12.3万平方公里，约占国土面积的21%，珍稀动植物种类繁多，包括珍稀植物塔那拉爵床。
马达加斯加还有不少动植物都是马达加斯加独有的，如番茄蛙，皮肤为橙红色，栖息在马达加斯加岛上的沼泽地或森林里潮湿的地方，以昆虫和小型无脊椎动物为食，其鲜艳的颜色是对捕食者的一种警告，受到威胁时，皮肤会产生厚厚的黏液来防御掠食者的攻击。任何碰到它的生物都会皮肤过敏，虽然不如美洲箭毒蛙那样致命，但是会引发长时间如同烧灼般的疼痛。
还有一种小动物叫做撒旦叶尾壁虎，分布在马达加斯加岛的中部偏东地区，是一种伪装大师，能逼真地模仿干枯的树叶，避免被掠食者发现。
全世界大约有150多种变色龙，其中三分之二分布在马达加斯加，世界上体型最大、体型最小的变色龙都在马达加斯加，国王变色龙、高冠变色龙、象耳变色龙等，都是马达加斯加岛的高光物种，在后世很受孩子们痴迷。
马达加斯加潜鸭是一种水栖鸟，世界上最稀有的鸭子之一，分布在马达加斯加的沼泽和淡水湖泊中。体圆，头大，很少鸣叫，为深水鸟类，善于收拢翅膀潜水。食性为杂食，主要以水生植物和鱼虾贝壳类为食。雄体头部通常为黑色或红色，具有金属光泽；雌体纯褐色，羽毛致密。嘴多扁平，先端具嘴甲，前趾间具蹼，后趾形小而不踏地。雌雄外形不同，雄性具交接器，尾脂腺发达，气管基部有膨大的骨质囊。
马达加斯加最为人所熟知的就要数狐猴了，这里拥有100多种狐猴，是该国最具代表性的特有动物之一，这些灵长类动物因其独特的适应性和生存环境而闻名。还有不少种类只分布在马达加斯加。有些狐猴体型肥硕，动作慵懒，萌哒可爱，也有些种类的狐猴动作迅速，非常善于跳跃，爱抢地盘。
在马岛的东北面有一座小岛（圣玛丽岛），每年7-9月的这个时间段会有大批的鲸鱼由南向北洄游到圣玛丽岛附近的海域进行交配和分娩。它们数量惊人，可达7000多头。雄性座头鲸每年约有6个月时间整天都在唱歌，而且其歌声中敲击音与纯正音的比例与西方交响乐中两者的比例非常类似。这种庞然大物至少能够发出7个八度音阶的音，但它不是毫无章法地在吼叫，而是按照一定的节拍、音阶长度和音乐短语来歌唱，非常的神奇。
座头鲸是一种大型鲸类，在海洋中也是一种庞然的存在，尤其是近距离与它们相遇，觉得震撼无比！成年座头鲸体长可达18米，体重接近30吨！座头鲸以其跃出水面的姿势、超长的前翅（鳍）和复杂的鸣叫声而闻名。当它们跃出海面，又重重地砸向海面，那种压迫感和溅起的水花随之扑面而来，令人终生难忘。
座头鲸是一种洄游动物，多成对活动，性情温顺，同伴间眷恋性很强。每年进行有规律的南北洄游：夏季洄游到冷水海域索饵，冬季到温暖海域繁殖，洄游期不进食。座头鲸还是一种喜欢玩耍的动物，它们的智商非常高。
座头鲸的配偶为一夫一妻制，雌兽每2年生育一次，怀孕期约为10个月，每胎产1仔，寿命为60~70年。孕期、产仔数和寿命跟人类极为相似。当雌兽带着幼仔时，往往另有1只雄兽紧跟其后，它的任务是对入侵的其他鲸或小船进行拦截，不过要是遇上凶恶而狡猾的虎鲸时，它就无能为力了。
像其它哺乳动物一样，雌兽用乳汁喂养幼仔，乳汁由乳头自动挤出，幼仔在水中吸食，幼仔发育很快，每天体重可以增长40~50千克，更令人惊讶的是雌兽在哺乳期间为幼仔的成长提供一切营养，而它自己却很长时间没有吃东西了，直到几个月以后才开始寻找食物。雌兽与幼仔之间也常常是温情脉脉的，幼仔用两鳍触摸着雌兽，有时好像是抓在雌兽的身上。
马达加斯加拥有多种珍贵的木材资源，包括猴面包树、红酸枝（巴厘桑）和龙血树。
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