第二份电文则是山本五十六发出的撤退命令，这名日本的海军元帅正确的评估出了日本海军遭受的损失，在他看来搭上整个第一航空舰队的精锐飞行员去拼掉美国海军舰队完全是白痴一样的行为。
“南云忠一将军，如果在这里我们拼尽全力，那么日后美军的反击到来之时，你的舰队却只能返回日本本土待命，这对于帝*人本身来说，就是对帝国命运的不负责任！我命令你立刻随我撤退，以保留力量迎接美国即将到来的第一次反扑！”这是山本电文中最核心的一部分，非常明确的指出了南云忠一正在浪费兵力，并非明智之举。
美国损失一个舰队，3个月或者半年之后，差不多就还能补充这么一个舰队，可是如果日本损失200名飞行员，那么半年内能补充上来的飞行员，最多也就只有150人。这就是山本五十六不愿意和美国拼消耗的原因，他不敢消耗，因为日本消耗不起。
山本的计划非常简单，他的海军舰队需要休整，等到补充和休整完毕之后，他的舰队可以恢复作战能力，这个时候又没有了瓦胡岛这个固定点的羁绊，他可以在大洋上选择一个有利的位置寻求决战，更容易的击垮美国舰队。
当然他也知道，现在一旦撤军，那么美国也就算彻底缓过气来，那么逼迫美国短期内投降的计划，也就变得更加困难气来。不过日本海军现在必须要休整了，这是他觉得必须要做的事情，没有办法省略。
至于战略的主动权易手，他也不是没有考量过，在山本五十六看来，现在日本的进攻已经显露出疲软的态势来，强撑着表演给美国看有没有效果，实在是难以预料的事情，为这么一个不一定奏效的欺骗来搭上整个第一航空舰队，是不值得的事情。
于是他在得到大岛还有福田两名陆军将领的电报之后，立刻下达了撤退的命令，山本五十六希望这4万名陆军士兵可以在瓦胡岛和可爱岛上坚持4个月，那个时候他将带领着精锐的日本联合舰队再杀回来，一举歼灭附近的美国海军。
山本的盘算非常简单，那就是用几个月的被动去争取一次先手，再上演一次类似威克岛之战时候的海上歼灭战，将美国人的舰队再一次歼灭，那个时候再来讨论是战是和的问题。
“给山本元帅回电！跟他说，南云忠一决心拼死一战！”南云忠一想了想之后，在所有人期待的目光下咬着牙说出了自己的决定：“大日本帝国的军人，还没有逃走的传统！我南云不是懦夫！我的手下也不是懦夫！”
“将军！”有一名电报室的军官走了进来，把一份电报递给了南云忠一：“山本元帅来电，说……”
“说什么？”南云一把抢过了那份电文，因为速度过快，甚至撕扯掉了一个小小的角落。他仔细的看清上面的文字，竟然是山本本人的口气：“如果你不服从我的命令，我将和长门号战列舰赶往你的舰队，并且亲自接手你的指挥权！”
南云面无表情的看完了这份电文，最终还是开口说道：“命令舰队向南转向，脱离交战海域！”
“将军！”一个主战派的军官上前一步，想要劝说南云改变自己的主意。
南云伸出自己的手来打断了他的话：“好了！不要再说了！山本元帅的命令是对的！我们这么苦战下去，会误了元帅的大事！他有自己的计划，我们遵守就是了！”
上午11时12分，日本第一航空舰队的战舰开始转向，同时美国有一批战机赶到，趁乱击伤了日军的飞龙号航母，造成了日军地勤和水手2人死亡32人受伤。不过在中午之前，日本海军就脱离了与美国海军的接触，在可爱岛以西洋面上重新集结。
夏威夷海战就这样以虎头蛇尾的样子结束，美国海军夺回了太平洋中部地区的海上主动权，太平洋战场在被日本统治了将近4个月之后，进入到了战略相持阶段。
